Эта история происходит спустя почти пол года после событий Assasin's Creed 3. Дезмонд Майлз мертв, а вместе с ним - последняя надежда на спасения мира. Да, конца света не будет, да, мир в безопасности, но надолго ли?
Юнона - загадочная представительница древней расы Предтеч - Тех, Кто Пришли Раньше - захватит мир под свою власть, но в обмен сохранит его и спасет от Конца Света. Однако солдаты, поднявшие восстание против богини, не дают ей фору и успешно сдерживают зомбированных воинов Юноны... Но чтобы остановить эту войну необходимо найти три Частицы Эдема - Яблоко, Посох и Меч, ибо только с их помощью они смогут остановить неостановимую. Уильям, Шон и Ребекка прочитывают воспоминания Дориана Аквилла, Ассасина, сражавшегося на стороне Йорков в Войне Алой и Белой Розы, являющегося предком солдата-добровольца из рода Ассасинов, - Файтина Фэра.
Теперь Файтин становиться Объектом 19 - последней надеждой этого мира, а его предок Дориан - посланником для этого мира, который против своей воли окажется героем не только своего времени...